Een gedegen basis aan medische kennis is onmisbaar om later in de eigen praktijk verantwoord te kunnen werken. Het is voor de natuurgeneeskundige van groot belang de grenzen te (h)erkennen van het eigen therapeutisch handelen.
Het voornaamste doel van de medische basisvakken is inzicht te krijgen in de ziektebeelden en in de regulier medische denk- en handelwijze teneinde risicodragende situaties te kunnen inschatten. Er wordt ook aandacht besteed aan de beleving van ziekte, wat ziekte met je doet. Voorts is begrip en inzicht in de medische wereld en terminologie van belang om goed met beoefenaars van de reguliere gezondheidszorg te kunnen communiceren en samenwerken. De gehele opleiding door wordt hieraan aandacht besteed.